關(guān)于命門的部位從部位言，有右腎與兩腎及兩腎之間的區(qū)別。

　�。�1）右腎為命門說(shuō)：《難經(jīng)》首先提出右腎為命門說(shuō)。自《難經(jīng)》之后，晉代王叔和、明代李梃等人均認(rèn)為右腎為命門。其中，李梃《醫(yī)學(xué)入門?命門賦》對(duì)命門的部位和生理功能論述得較為詳盡：“命門下寄腎右，而絲系曲透膀胱之間，上為心包，隔膜橫連脂漫之外，配左腎以藏真精，男女陰陽(yáng)攸分，相君火以系元?dú)�，疾病生死是賴�！?

　�。�2）兩腎總號(hào)為命門說(shuō)：元代滑壽首倡此說(shuō)，認(rèn)為“命門，其氣與腎通，是腎之兩者，其實(shí)一耳。”明代虞摶明確提出“兩腎總號(hào)為命門”，其在《醫(yī)學(xué)正傳?醫(yī)學(xué)或問》中說(shuō)：“夫兩腎固為真原之根本，性命之所關(guān)，雖有水臟，而實(shí)有相火寓乎其中，像水中之龍火，因其動(dòng)而發(fā)也。寓意當(dāng)以兩腎總號(hào)為命門，其命門穴正像門中之杖昱，司開闔之象也�！庇菔戏穸�了左為腎右為命門之說(shuō)，認(rèn)為“若獨(dú)指乎右腎為相火，以三焦之配，尚恐立言之未精也�！睆埥橘e《類經(jīng)附翼?求正錄。三焦包絡(luò)命門辨》也說(shuō)：“是命門總乎兩腎，而兩腎皆屬命門�！�

　�。�3）兩腎之間為命門說(shuō)：此說(shuō)首推明代趙獻(xiàn)可。他在《素問?靈蘭秘典論》“主不明，則十二官�！钡膯⑹鞠�，認(rèn)為十二官之外，還有一個(gè)人身之主，即是命門。“命門即在兩腎各一寸五分之間，當(dāng)一身之中，《內(nèi)經(jīng)》曰‘七節(jié)之旁，中有小心’是也，名曰命門，是真君真主，乃一身之太極，無(wú)形可見，而兩腎之中，是其安宅也”（《醫(yī)貫?內(nèi)經(jīng)十二官論》）。趙氏之說(shuō)對(duì)后世影響很大，清代醫(yī)家陳士鐸、陳修園、林?琴等皆認(rèn)為命門部位在兩腎之間。