藥物，作為外來活性物質(zhì)（xenobiotic），機(jī)體首先要將之滅活，同時(shí)還要促其自體內(nèi)消除。能大量吸收進(jìn)入體內(nèi)的藥物多是極性低的脂溶性藥物，在排泄過程中易被再吸收，不易消除。體內(nèi)藥物主要在肝臟生物轉(zhuǎn)化（biotransformation）而失去藥理活性，并轉(zhuǎn)化為極性高的水溶性代謝物而利于排出體外。生物轉(zhuǎn)化與排泄統(tǒng)稱為消除（elimination）。

生物轉(zhuǎn)化分兩步進(jìn)行，第一步為氧化、還原或水解，第二步為結(jié)合。第一步反應(yīng)使多數(shù)藥物滅活，但少數(shù)例外反而活化，故生物轉(zhuǎn)化不能稱為解毒過程。第二步與體內(nèi)物質(zhì)結(jié)合后總是使藥物活性降低或滅活并使極性增加。各藥在體內(nèi)轉(zhuǎn)化過程不同，有的只經(jīng)一步轉(zhuǎn)化，有的完全不變自腎排出，有的經(jīng)多步轉(zhuǎn)化生成多個(gè)代謝產(chǎn)物。

肝臟微粒體的細(xì)胞色素P-450酶系統(tǒng)是促進(jìn)藥物生物轉(zhuǎn)化的主要酶系統(tǒng)，故又簡(jiǎn)稱肝藥酶，現(xiàn)已分離出70余種。此酶系統(tǒng)的基本作用是從輔酶Ⅱ及細(xì)胞色素b5 獲得兩個(gè)H+，另外接受一個(gè)氧分子，其中一個(gè)氧原子使藥物羥化，另一個(gè)氧原子與兩個(gè)H+結(jié)合成水（RH+NADPH+O2+2H+→ROH+NADP+ +H2O），沒有相應(yīng)的還原產(chǎn)物，故又名單加氧酶，能對(duì)數(shù)百種藥物起反應(yīng)。此酶系統(tǒng)活性有限，在藥物間容易發(fā)生競(jìng)爭(zhēng)性抑制。它又不穩(wěn)定，個(gè)體差異大，且易受藥物的誘導(dǎo)或抑制。例如苯巴比妥能促進(jìn)光面肌漿網(wǎng)增生，其中P-450酶系統(tǒng)活性增加，加速藥物生物轉(zhuǎn)化，這是其自身耐受性及與其他藥物交叉耐受性的原因。西米替丁抑制P-450酶系統(tǒng)活性，可使其他藥物效應(yīng)敏化。該酶系統(tǒng)在缺氧條件下可對(duì)偶氮及芳香硝基化合物產(chǎn)生還原反應(yīng)，生成胺基。微粒體內(nèi)還存在水解酶及葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)移酶。

生物轉(zhuǎn)化的第二步反應(yīng)是結(jié)合。多數(shù)經(jīng)過氧化反應(yīng)的藥物再經(jīng)肝微粒體的葡萄糖醛酸轉(zhuǎn)移酶作用與葡萄糖醛酸結(jié)合。有些藥物還能和乙酰基、甘氨酸、硫酸等結(jié)合。這些結(jié)合反應(yīng)都需要供體參加，例如二磷酸尿嘧啶是葡萄糖醛酸的供體。