交通運輸業(yè)流轉稅以營業(yè)稅為主，其營業(yè)稅的計算基數為營業(yè)額，應該營業(yè)稅是否及時足額繳納，首先應該保證營業(yè)額是否及時足額確認。交通運輸業(yè)中的營業(yè)額確認時間同一般營業(yè)稅企業(yè)一致，但其數額確認確不同于一般行業(yè)，其主要采用了差額征收營業(yè)額確認辦法。對于營業(yè)額的確認，應著手從兩個方面去規(guī)范：  

　　一、收入申報的準確性 

　　1．收入申報的完整性 

　　收入申報完整性非常好理解，即收入是否完整的進行了申報，有無少報、漏報、瞞報現象。 

　　關注收入完整性主要從以下方面著手： 

　�。�1）從成本著手，即從油耗，過路過橋費等運輸業(yè)的直接成本等進行有效判斷； 

　�。�2）從績效著手，企業(yè)需要績效考核，進而進行差異化分配，從而鼓勵先進，教育后進，因此通過對績效的判斷，有助于判斷收入完整性； 

　　（3）從信息化著手，現代交通運輸業(yè)需要“增收降本”，其主要手段就是通過信息化手段，如通過GPS對車輛進行管控，通過物流系統(tǒng)進行配載等； 

　�。�4）從風險著手，交通運輸行業(yè)是風險行業(yè)，包括運輸工具風險，運輸標的風險及第三人險。因此對交通運輸行業(yè)的風險管控，不僅是企業(yè)自身的要求，也是政府監(jiān)督的重要內容，如果企業(yè)過度承擔風險而沒有對應收入顯然不經濟。 

　　除了上面四個方面，企業(yè)還應從賬目入手： 

　�。�1）分析往來賬戶，是否將貨款掛在預收項目，掛在應付項目，其他應付項目等等，結合賬齡和收款方法進行充分判斷。 

　�。�2）代收款項是否按價外費用正確申報，《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則》第十四條規(guī)定，條例第五條所稱價外費用，包括向對方收取的手續(xù)費、基金、集資費、代收款項、代墊款項及其他各種性質的價外收費。價外費用，無論會計制度規(guī)定如何核算，均應并入營業(yè)額計算應納稅額�！吨腥A人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則（修訂）》第十三條規(guī)定，條例第五條所稱價外費用，包括收取的手續(xù)費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、罰息及其他各種性質的價外收費，但不包括同時符合以下條件代為收取的政府性基金或者行政事業(yè)性收費：（一）由國務院或者財政部批準設立的政府性基金，由國務院或者省級人民政府及其財政、價格主管部門批準設立的行政事業(yè)性收費；（二）收取時開具省級以上財政部門印制的財政票據；（三）所收款項全額上繳財政。2008年和2009年對價外費用的規(guī)定無本質差異。2009年明確價外收費不包括同時符合3個條件的代為收取的政府性基金或者行政事業(yè)性收費。價外收費注意獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、罰息、裝卸搬運收入、運輸票價中包含的保險費收入、燃油附加費、隨票收取的各種交通建設基金及其他。 

　　（3）境內運輸貨物或旅客出境有否作為在境內提供勞務進行申報納稅。2008年和2009年境內提供應稅勞務的稅收規(guī)定無實質差異，2008年規(guī)定“在境內載運旅客或貨物出境”，2009年規(guī)定“提供或者接受條例規(guī)定勞務的單位或者個人在境內”。 

　�。�4）有無將成本費用直接沖抵收入的現象。 

　　2．收入申報的及時性 

　　財政支出是有計劃的，稅收收入存在的計劃性，反映在稅收政策上就體現為收入申報要求及時，對應在稅收政策上，就對營業(yè)稅納稅義務發(fā)生時間有明確規(guī)定： 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》第九條規(guī)定，營業(yè)稅的納稅義務發(fā)生時間，為納稅人收訖營業(yè)收入款項或者取得索取營業(yè)收入款項憑據的當天。《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則》無對應規(guī)定 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例（修訂）》第十二條規(guī)定，營業(yè)稅納稅義務發(fā)生時間為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產并收訖營業(yè)收入款項或者取得索取營業(yè)收入款項憑據的當天。國務院財政、稅務主管部門另有規(guī)定的，從其規(guī)定。《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則（修訂）》第二十四條規(guī)定，條例第十二條所稱收訖營業(yè)收入款項，是指納稅人應稅行為發(fā)生過程中或者完成后收取的款項。條例第十二條所稱取得索取營業(yè)收入款項憑據的當天，為書面合同確定的付款日期的當天；未簽訂書面合同或者書面合同未確定付款日期的，為應稅行為完成的當天。 

　　一次性預收賬款分次運輸和分期收款業(yè)務是否按規(guī)定時間及時結轉收入，2008年的稅收規(guī)定為納稅人收訖營業(yè)收入款項或者取得索取營業(yè)收入款項憑據的當天。2009年的規(guī)定為書面合同確定的付款日期的當天，未簽訂書面合同或者書面合同未確定付款日期的，為應稅行為完成的當天。 

　　二、扣除額的合規(guī)性 

　　1.扣除項目合規(guī)性 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例（修訂）》第五條：納稅人將承攬的運輸業(yè)務分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用后的余額為計稅營業(yè)額。 

　　需要注意，納稅人必須承攬的是運輸業(yè)務；納稅人只能扣除支付給其他單位或個人的運輸費用，支付的其他費用不能扣除。 

　　比較一下過去交通運輸費用扣除項目規(guī)定： 

　　（1）原條例和細則 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》運輸企業(yè)自中華人民共和國境內運輸旅客或者貨物出境，在境外改由其他運輸企業(yè)承運乘客或者貨物的，以全程運費減去付給該承運企業(yè)的運費后的余額為營業(yè)額。 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則》運輸企業(yè)從事聯運業(yè)務的營業(yè)額為其實際取得的營業(yè)額。 
　　《國家稅務總局關于營業(yè)稅若干征稅問題的通知》（國稅發(fā)[1994]159號）規(guī)定，聯運業(yè)務，是指兩個以上運輸企業(yè)完成旅客或貨物從發(fā)送地點至到達地點所進行的運輸業(yè)務。聯運的特點是一次購買、一次收費、一票到底。 聯運業(yè)務以其實際取得的收人為營業(yè)額，即指運輸企業(yè)開展聯運業(yè)務時，以收到的收入為扣除支付給以后的承運者的運費、裝卸費、換裝費等費用后的余額。 

　　（2）財稅[2003]16號及國稅發(fā)[2003]121號 

　　《財政部、國家稅務總局關于營業(yè)稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號），自2003年1月1日起執(zhí)行，經地方稅務機關批準使用運輸企業(yè)發(fā)票，按“交通運輸業(yè)”稅目征收營業(yè)稅的單位將承擔的運輸業(yè)務分給其他運輸企業(yè)并由其統(tǒng)一收取價款的，以其取得的全部收入減去支付給其他運輸企業(yè)的運費后的余額為營業(yè)額。 

　　《國家稅務總局關于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理的通知》（國稅發(fā)[2003]121號）規(guī)定， 對自開票納稅人的聯運業(yè)務，以其向貨主收取的運費及其他價外收費減去付給其他聯運合作方運費后的余額為營業(yè)額計算征收營業(yè)稅。 

　　以上所稱聯運必須同時符合以下條件：（一）自開票納稅人必須參與該項貨物運輸業(yè)務；（二）聯運合作方向自開票納稅人開具貨物運輸業(yè)發(fā)票；（三）自開票納稅人必須將其接受的貨物運輸業(yè)發(fā)票作為原始計賬憑證，妥善保管，以備稅務機關檢查。 

　　值得關注的是，盡管2009年1月1日執(zhí)行新的營業(yè)稅相關規(guī)定，但是《國家稅務總局關于貨物運輸業(yè)若干稅收問題的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）關于“代開票納稅人從事聯運業(yè)務的，其計征營業(yè)稅營業(yè)額為代開的貨物運輸業(yè)發(fā)票注明的營業(yè)稅應稅收入，不得減除支付給其他聯運合作方的各種費用”的規(guī)定，并未在修訂之內，即仍然有效。 

　　另外對于聯運行業(yè)的定義，2007年已經取消，《國家稅務總局關于使用新版公路、內河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關問題的通知》（國稅發(fā)[2006]67號）這樣表述“鑒于聯運貨物運輸業(yè)務與公路、內河貨物運輸業(yè)務內容基本相同，為了便于統(tǒng)一管理，方便納稅人對發(fā)票的使用，凡從事貨物運輸業(yè)聯運業(yè)務的納稅人可領購、使用《貨運發(fā)票》。” 

　　2.扣除憑證合規(guī)性 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例（修訂）》第6條：納稅人按照本條例第五條規(guī)定扣除有關項目，取得的憑證不符合法律、行政法規(guī)或者國務院稅務主管部門有關規(guī)定的，該項目金額不得扣除。 

　　《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例實施細則（修訂）》第19條：條例第六條所稱符合國務院稅務主管部門有關規(guī)定的憑證（以下統(tǒng)稱合法有效憑證），是指： 

　�。ㄒ唬┲Ц督o境內單位或者個人的款項，且該單位或者個人發(fā)生的行為屬于營業(yè)稅或者增值稅征收范圍的，以該單位或者個人開具的發(fā)票為合法有效憑證； 

　　（二）支付的行政事業(yè)性收費或者政府性基金，以開具的財政票據為合法有效憑證； 

　�。ㄈ�）支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明； 

　�。ㄋ模﹪�家稅務總局規(guī)定的其他合法有效憑證。 

　　比較過去的規(guī)定： 

　�。�1）《財政部、國家稅務總局關于營業(yè)稅若干政策問題的通知》（財稅[2003]16號，自2003年1月1日起執(zhí)行）第四條“關于營業(yè)額減除項目憑證管理問題”的規(guī)定，營業(yè)額減除項目支付款項發(fā)生在境內的，該減除項目支付款項憑證必須是發(fā)票或合法有效憑證；支付給境外的，該減除項目支付款項憑證必須是外匯付匯憑證、外方公司的簽收單據或出具的公證證明。（此條款已廢止或失效） 

　�。�2）《國家稅務總局關于新版公路 內河貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票有關使用問題的通知》（國稅發(fā)[2007]101號）規(guī)定，自2007年9月1日起，公路、內河聯合貨物運輸業(yè)務，是指其一項貨物運輸業(yè)務由兩個或兩個以上的運輸單位（或個人）共同完成的貨物運輸業(yè)務。運輸單位（或個人）應以收取的全部價款向付款人開具貨運發(fā)票，合作運輸單位（或個人）以向運輸單位（或個人）收取的全部價款向該運輸單位（或個人）開具貨運發(fā)票，運輸單位（或個人）應以合作運輸單位（或個人）向其開具的貨運發(fā)票作為差額繳納營業(yè)稅的扣除憑證。 

　　3.支付境外運輸費用的扣除 

　　隨著中國進出口貿易的發(fā)展，國際間的運輸合作越來越多，可（需要）扣除的境外運輸費用也日漸增多，比較新舊規(guī)定，財稅[2003]16號規(guī)定“支付給境外的，該減除項目支付款項憑證必須是外匯付匯憑證、外方公司的簽收單據或出具的公證證明”，修訂后的營業(yè)稅實施細則這樣規(guī)定，“支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明”，“簽收單據”是必須的，“付匯憑證”取消了，“公證證明”按需提供。 

　　按照《國家外匯管理局、國家稅務總局關于服務貿易等項目對外支付提交稅務證明有關問題的通知》（匯發(fā)[2008]064號）及《國家外匯管理局 國家稅務總局關于進一步明確服務貿易等項目對外支付提交稅務證明有關問題的通知》（匯發(fā)[2009]52號）相關規(guī)定，境內機構或個人對外支付進口貿易項下境外機構獲得的國際運輸費用，國際空運和陸運項下運費及相關費用，無需辦理和提交《服務貿易、收益、經常轉移和部分資本項目對外支付稅務證明》；對外支付外國公司船舶運輸收入應當按規(guī)定提交稅務證明的，按照《國家稅務總局 國家外匯管理局關于加強外國公司船舶運輸收入稅收管理及國際海運業(yè)對外支付管理的補充通知》（國稅發(fā)[2002]107號）的規(guī)定執(zhí)行。 

　　按照《國家稅務總局關于個人金融商品買賣等營業(yè)稅若干免稅政策的通知》（財稅[2009]111號）規(guī)定，自2009年1月1日起境外單位或者個人在境外向境內單位或者個人提供的完全發(fā)生在境外的《中華人民共和國營業(yè)稅暫行條例》（國務院令第540號，以下簡稱條例）規(guī)定的勞務，不屬于條例第一條所稱在境內提供條例規(guī)定的勞務，不征收營業(yè)稅。對于支付給境外運輸機構承擔的境外運輸費用不需要承擔扣繳營業(yè)稅的義務。 

　　上述規(guī)定是目前僅有的對支付境外運輸費用進行管理的規(guī)定，但實際上我們注意到，實際支付境外運輸費用的對象并不是實際承運人，因為從第三方物流開始，物流服務提供商與實際承運人就發(fā)生了分離，因此如何判斷支付境外費用的真實有效值得關注。 

　　4.其他扣除規(guī)定 

　　（1）航空包機業(yè)務稅項扣除 

　　《國家稅務總局關于航空運輸企業(yè)包機業(yè)務征收營業(yè)稅問題的通知》（國稅發(fā)[2000]139號），航空企業(yè)從事包機業(yè)務，包機公司向旅客或貨主收取的運營收入，其應稅營業(yè)額為向旅客或貨主收取的全部價款和價外費用減除支付給航空運輸企業(yè)的包機費后的余額。 

　　（2）試點物流企業(yè)運輸業(yè)務稅項扣除 

　　《國家稅務總局關于試點物流企業(yè)有關稅收政策問題的通知》（國稅發(fā)[2005]208號）規(guī)定，自2006年1月1日起，試點企業(yè)將承攬的運輸業(yè)務分給其他單位并由其統(tǒng)一收取價款的，應以該企業(yè)取得的全部收入減去付給其他運輸企業(yè)的運費后的余額為營業(yè)額計算征收營業(yè)稅。 

　　（3）客運飛機腹艙聯運業(yè)務稅項扣除 

　　《國家稅務總局關于客運飛機腹艙聯運收入營業(yè)稅問題的通知》（國稅函[2005]202號）規(guī)定，中國國際航空股份有限公司（簡稱國航）與中國國際貨運航空有限公司（簡稱貨航）開展客運飛機腹艙聯運業(yè)務時，國航以收到的腹艙收入為營業(yè)額；貨航以其收到的貨運收入扣除支付給國航的腹艙收入的余額為營業(yè)額，營業(yè)額扣除憑證為國航開具的“航空貨運單”。 

　　隨著交通運輸行業(yè)的稅收政策方向日漸明確，運輸發(fā)票納入防偽稅控系統(tǒng)，信息化管稅成為趨勢，但是我們必須注意到當前納入防偽稅控的運輸發(fā)票還僅限于公路、內河運輸，內海及近海貨物運輸，鐵路運輸、航空運輸、海洋運輸的貨物運輸業(yè)發(fā)票并沒有納入系統(tǒng)，無法對數據進行比對。這就意味著，對交通運輸行業(yè)營業(yè)額扣除項目要充分關注，特別關注鐵路、航空運輸、海洋運輸等運輸費用真實性合規(guī)性的檢查，具體包括以下方面： 

　�。�1）關注相關運輸標的的風險承繼，即運輸本身存在著風險，當自己承攬運輸時，相關風險通過合理的控制可以達到有效地控制，而當委托他人運輸時，相關風險必須承繼給受托人。納稅人在自查時可以充分關注及有效比對承攬合同及委托合同的相關條款。 

　�。�2）判斷委托價格的合理性，交通運輸業(yè)本身是個充分競爭的行業(yè)，其影響價格的因素主要包括運輸里程，運輸噸位，還有重要的一個外部因素即油價，還包括過路過橋費等。 

　�。�3）注意接駁細節(jié)，發(fā)生委托運輸必然涉及接駁，包括接駁地點，接駁時間，是否需要接駁工具等等。 

　　（4）支付境外運輸費用，應從支付對象，支付渠道去關注實際收款方是否提供了真實的運輸服務。