企業(yè)所得稅的減免稅備案是指納稅人將符合企業(yè)所得稅減免稅條件的有關(guān)資料向主管稅務(wù)機關(guān)報備，主管稅務(wù)機關(guān)完成登記備案工作后，通知納稅人開始享受減免稅的程序。納稅人只要按要求報告了相關(guān)內(nèi)容，就算完成了備案程序。備案不同于申請，自然也不需要等待有權(quán)機關(guān)來進行審批。至于備案的內(nèi)容是否真實、合法，則不是備案環(huán)節(jié)所要解決的問題。
　　企業(yè)所得稅減免稅備案完全有別于減免稅審批，這種差異不是文字上的表述不同，而是要求在備案的過程中，不能摻雜審批的意識。如果在備案中，滲入了經(jīng)稅務(wù)機關(guān)逐級審核后才作出是否同意備案的結(jié)論，那就脫離了備案的本源，而是借備案之名行審批之實。在這種情況下，納稅人是可以依法采取行政救濟措施的。
　　《稅收征管法》第三十三條規(guī)定，減稅、免稅的申請須經(jīng)法律、行政法規(guī)規(guī)定的減稅、免稅審查批準機關(guān)審批。而企業(yè)所得稅減免稅審批只在《企業(yè)所得稅法》第二十九條及其實施條例第九十四條中有相關(guān)規(guī)定，即實行民族區(qū)域自治的自治區(qū)、自治州、自治縣對本民族自治地方的企業(yè)應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅中屬于地方分享的部分，可以決定減征或者免征。自治州、自治縣決定減征或者免征的，須報省、自治區(qū)、直轄市人民政府批準。因此，享有企業(yè)所得稅減免稅審批權(quán)的只有省級人民政府。除省級人民政府授權(quán)外，稅務(wù)機關(guān)是無權(quán)進行企業(yè)所得稅減免稅審批的�？梢哉f，目前除民族區(qū)域自治地方外，企業(yè)所得稅減免稅都屬于備案類減免稅項目。
　　《稅收減免管理辦法（試行）》（國稅發(fā)[2005]129號）規(guī)定，納稅人享受備案類減免稅，應(yīng)提請備案，經(jīng)稅務(wù)機關(guān)登記備案后，自登記備案之日起執(zhí)行。納稅人未按規(guī)定備案的，一律不得減免稅。
　　因此，納稅人在減免稅備案中要關(guān)注以下問題：一是備案資料。要準備好主管稅務(wù)機關(guān)要求提供的有關(guān)資料，減免稅政策的執(zhí)行情況不需要報，因為減免稅尚未執(zhí)行，何來減免稅政策的執(zhí)行情況？二是備案時間。針對不同的減免稅項目，不同的省級稅務(wù)機關(guān)會作不同的時間要求，有的可能只要求在匯算清繳時報送。三是備案對象。由于目前沒有明確的統(tǒng)一規(guī)定，備案對象可能是稅務(wù)所、辦稅服務(wù)廳或相關(guān)業(yè)務(wù)科室。
　　主管稅務(wù)機關(guān)在備案管理中，也要注意履行相應(yīng)的義務(wù)，即應(yīng)在受理納稅人減免稅備案后7個工作日內(nèi)完成登記備案工作，并告知納稅人執(zhí)行。不得參照行政審批中20個工作日的時間要求。
　　納稅人采用欺騙手段進行減免稅備案獲取減免稅的，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)取消其減免稅備案資格，停止減免稅優(yōu)惠，同時可以按照《稅收征管法》第六十三條、六十四條等有關(guān)規(guī)定予以處理。
　　稅務(wù)機關(guān)按照實質(zhì)重于形式原則對企業(yè)的實際經(jīng)營情況進行事后監(jiān)督檢查。檢查中，發(fā)現(xiàn)有關(guān)專業(yè)技術(shù)或經(jīng)濟鑒證部門認定失誤的，應(yīng)及時與有關(guān)認定部門協(xié)調(diào)溝通，提請糾正，及時取消有關(guān)納稅人的優(yōu)惠資格，并追繳已經(jīng)享受的減免稅款。有關(guān)部門非法提供證明的，導致未繳、少繳稅款的，按《稅收征管法實施細則》第九十三條規(guī)定予以處理。