【例】如果A單位持有甲企業(yè)100%的股權(quán)，計稅基礎(chǔ)是200萬元，公允價為500萬元。乙企業(yè)收購A單位的全部股權(quán)，價款為500萬元。那么，A單位的股東股權(quán)轉(zhuǎn)讓增值額就是300萬元，需要繳納企業(yè)所得稅75萬元。乙企業(yè)收購甲企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)就是500萬元。
　　特殊性稅務(wù)處理
　　股東轉(zhuǎn)讓股權(quán)需要繳納所得稅，但是有一種情況可以暫時不用納稅，即股權(quán)置換，也可以稱之為股權(quán)支付。就是說，收購股權(quán)方支付給轉(zhuǎn)讓方的對價不是貨幣性資產(chǎn)，而是本單位的股權(quán)或控股公司的股權(quán)。需要強調(diào)的是，股權(quán)置換暫不征稅需要符合一定的條件。財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）第六條第二項規(guī)定，股權(quán)收購，收購企業(yè)購買的股權(quán)不低于被收購企業(yè)全部股權(quán)的75%，且收購企業(yè)在該股權(quán)收購發(fā)生時的股權(quán)支付金額不低于其交易支付總額的85%，可以選擇按以下規(guī)定處理：被收購企業(yè)的股東取得收購企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)，以被收購股權(quán)的原有計稅基礎(chǔ)確定；收購企業(yè)取得被收購企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)，以被收購股權(quán)的原有計稅基礎(chǔ)確定；收購企業(yè)、被收購企業(yè)的原有各項資產(chǎn)和負債的計稅基礎(chǔ)和其他相關(guān)所得稅事項保持不變。
　　【按上例】如果A單位持有甲企業(yè)100%的股權(quán)，計稅基礎(chǔ)是200萬元，公允價為500萬元。乙企業(yè)收購A單位的全部股權(quán)（轉(zhuǎn)讓股權(quán)超過了75%），價款為500萬元。支付乙企業(yè)股權(quán)為500萬元（即A單位將甲企業(yè)股權(quán)置換成乙企業(yè)股權(quán)），股權(quán)支付比例達100%（超過了85%）。那么，股權(quán)增值的300萬元可以暫時不納稅。因為不納稅，所以A單位取得乙企業(yè)新股的計稅基礎(chǔ)仍是原計稅基礎(chǔ)200萬元，不是500萬元。乙企業(yè)取得甲企業(yè)股權(quán)的計稅基礎(chǔ)，是以自己置換股權(quán)的成本500萬元作為計稅基礎(chǔ)的。
　　以上股權(quán)收購重組被稱為特殊性稅務(wù)處理，在對其進行特殊性稅務(wù)處理時，應(yīng)同時符合以下條件：1.具有合理的商業(yè)目的，且不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的；2.被收購、合并或分立部分的資產(chǎn)或股權(quán)比例符合上述規(guī)定的比例；3.企業(yè)重組后，連續(xù)12個月內(nèi)不改變重組資產(chǎn)原來的實質(zhì)性經(jīng)營活動；4.重組交易對價中涉及股權(quán)支付金額符合上述規(guī)定的比例；5.企業(yè)重組中取得股權(quán)支付的原主要股東，在重組后連續(xù)12個月內(nèi)不得轉(zhuǎn)讓其所取得的股權(quán)。
　　非股權(quán)支付額不免稅
　　股權(quán)收購中只要股權(quán)支付額超過全部支付額的85%，股權(quán)支付部分就可以選擇暫時不繳企業(yè)所得稅，但是非股權(quán)支付額不能享受這一規(guī)定。如上例，假如乙企業(yè)收購A單位全部股權(quán)，股權(quán)支付額為450萬元，非股權(quán)支付額為50萬元。則其中與50萬元相對應(yīng)的股權(quán)要視同銷售，這部分利潤要繳納企業(yè)所得稅。財稅〔2009〕59號文件第六條第六項規(guī)定，重組交易各方對交易中股權(quán)支付暫不確認有關(guān)資產(chǎn)的轉(zhuǎn)讓所得或損失的，其非股權(quán)支付仍應(yīng)在交易當期確認相應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失，并調(diào)整相應(yīng)資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)。
　　其計算公式為：
　　非股權(quán)支付對應(yīng)的資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失＝（被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值－被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的計稅基礎(chǔ)）×（非股權(quán)支付金額÷被轉(zhuǎn)讓資產(chǎn)的公允價值）
　　【按上例】乙企業(yè)支付股權(quán)為450萬元，支付非股權(quán)為50萬元。A單位轉(zhuǎn)讓全部100%股權(quán)，比例超過了75%。股權(quán)支付占全部支付額比例為90%(450/500×100%)，超過了85%，符合特殊性稅務(wù)處理的條件，則450萬元股權(quán)對應(yīng)的增值不必納稅。但50萬元的非股權(quán)支付要視同銷售確認所得繳納企業(yè)所得稅。A單位股權(quán)計稅基礎(chǔ)為200萬元，取得對價支付了500萬元，增值200萬元。其中，與50萬元非股權(quán)支付相對應(yīng)的部分為20萬元（50/500×200），需要繳納企業(yè)所得稅5萬元（20×25%），而與450萬元股權(quán)支付相對應(yīng)的增值額為180萬元（450/500×200），不需要繳稅。
　　同時，A單位取得乙企業(yè)新股權(quán)450萬元的計稅基礎(chǔ)不是450萬元，而是以被收購股權(quán)的計稅基礎(chǔ)計算確定，新股權(quán)的計稅基礎(chǔ)為：200-50+20=170（萬元）。乙企業(yè)收購甲企業(yè)股權(quán)支付的對價歷史成本是500萬元，因此，其對甲企業(yè)股權(quán)投資的計稅基礎(chǔ)是500萬元。