按照《企業(yè)所得稅法》及其實(shí)施條例規(guī)定，企業(yè)研發(fā)費(fèi)用享受加計(jì)扣除的稅收優(yōu)惠，需經(jīng)過(guò)項(xiàng)目確認(rèn)、項(xiàng)目登記和加計(jì)扣除3個(gè)環(huán)節(jié)。項(xiàng)目確認(rèn)由市或直轄市科技局或經(jīng)信委進(jìn)行審核，方可發(fā)放《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》；項(xiàng)目登記時(shí)，由企業(yè)持《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目確認(rèn)書(shū)》向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出申請(qǐng)，稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行認(rèn)證后出具《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目登記信息告知書(shū)》；企業(yè)依據(jù)告知書(shū)，每年計(jì)算加計(jì)扣除金額。
    在加計(jì)扣除項(xiàng)目中，通常要說(shuō)明資金來(lái)源，對(duì)于獲得政府撥款的研發(fā)項(xiàng)目，在申報(bào)研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除和企業(yè)所得稅匯算清繳時(shí)，需注意以下問(wèn)題。
    企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則對(duì)研發(fā)費(fèi)用中財(cái)政撥款的處理
    《企業(yè)會(huì)計(jì)準(zhǔn)則第16號(hào)——政府補(bǔ)助》（以下簡(jiǎn)稱準(zhǔn)則）規(guī)定，政府補(bǔ)助分為與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助和與收益相關(guān)的政府補(bǔ)助。與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助，是指企業(yè)取得的、用于購(gòu)建或以其他方式形成長(zhǎng)期資產(chǎn)的政府補(bǔ)助。此類政府補(bǔ)助，不能直接確認(rèn)為當(dāng)期收益，而應(yīng)當(dāng)確認(rèn)為遞延收益，即自相關(guān)資產(chǎn)可供使用時(shí)起，在使用壽命內(nèi)平均分配，分次計(jì)入以后各期的損益（營(yíng)業(yè)外收入）。相關(guān)資產(chǎn)在使用壽命結(jié)束前被出售、轉(zhuǎn)讓、報(bào)廢或發(fā)生毀損的，應(yīng)將尚未分配的遞延收益余額一次性轉(zhuǎn)入資產(chǎn)處置當(dāng)期的損益（營(yíng)業(yè)外收入）。與收益相關(guān)的政府補(bǔ)助，是指除與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助之外的各項(xiàng)補(bǔ)助。其中對(duì)用于補(bǔ)償企業(yè)以后期間的相關(guān)費(fèi)用或損失的，取得時(shí)確認(rèn)為遞延收益，并按相關(guān)費(fèi)用發(fā)生期間計(jì)入當(dāng)期損益（營(yíng)業(yè)外收入）；對(duì)用于補(bǔ)償企業(yè)已發(fā)生的相關(guān)費(fèi)用或損失的，取得時(shí)直接計(jì)入當(dāng)期損益（營(yíng)業(yè)外收入）。
    由于企業(yè)申請(qǐng)獲得的研發(fā)項(xiàng)目財(cái)政撥款，一般不是用于購(gòu)建或以其他方式形成長(zhǎng)期資產(chǎn)，加之研發(fā)項(xiàng)目本身具有一定的投資風(fēng)險(xiǎn)，不具備確認(rèn)為資產(chǎn)的條件，因此大多屬于與收益有關(guān)的政府補(bǔ)助。在會(huì)計(jì)處理上，補(bǔ)償以前發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用時(shí)，借記“銀行存款”，貸記“營(yíng)業(yè)外收入”。收到財(cái)政撥款時(shí)，借記“銀行存款”，貸記“遞延收益”。發(fā)生相應(yīng)研發(fā)支出時(shí)，借記“開(kāi)發(fā)支出”，貸記“銀行存款”，同時(shí)分期確認(rèn)收益，借記“遞延收益”，貸記“營(yíng)業(yè)外收入”。
    開(kāi)發(fā)項(xiàng)目取得的財(cái)政撥款在研發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除中的處理
    《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國(guó)稅發(fā)[2008]116號(hào)）附件《研發(fā)項(xiàng)目可加計(jì)扣除研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用歸集表》中明確規(guī)定，從有關(guān)部門(mén)和母公司取得的研究開(kāi)發(fā)費(fèi)專項(xiàng)撥款應(yīng)予以剔除，不得計(jì)入加計(jì)扣除額。這是因?yàn)樨?cái)政撥款和母公司撥款屬于不征稅收入，其用于支出形成的費(fèi)用當(dāng)然也不能在計(jì)算應(yīng)納稅額時(shí)扣除。至于如何確定在當(dāng)年發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用中有多少金額是由財(cái)政撥款支付的，取決于企業(yè)對(duì)該項(xiàng)資金的取得與發(fā)生的支出是否單獨(dú)核算。如果不單獨(dú)核算，則應(yīng)將當(dāng)年度收到的財(cái)政撥款全額剔除；如果單獨(dú)核算，則可在研發(fā)費(fèi)用總額中剔除屬于當(dāng)年用財(cái)政撥款支付的金額，而后計(jì)算加計(jì)扣除金額。
    開(kāi)發(fā)項(xiàng)目取得的財(cái)政撥款在企業(yè)所得稅匯算清繳中的處理
    企業(yè)研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目取得的財(cái)政撥款，不論在會(huì)計(jì)上如何處理，均應(yīng)根據(jù)具體情況確認(rèn)收入。稅前扣除的確認(rèn)應(yīng)遵循企業(yè)所得稅法規(guī)定的原則�！敦�(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于專項(xiàng)用途財(cái)政性資金企業(yè)所得稅處理問(wèn)題的通知》（財(cái)稅[2011]70號(hào)）規(guī)定，自2011年1月1日起，企業(yè)從縣級(jí)以上各級(jí)人民政府財(cái)政部門(mén)及其他部門(mén)取得的應(yīng)計(jì)入收入總額的財(cái)政性資金，凡同時(shí)符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)從收入總額中減除：（一）企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項(xiàng)用途的資金撥付文件；（二）財(cái)政部門(mén)或其他撥付資金的政府部門(mén)對(duì)該資金有專門(mén)的資金管理辦法或具體管理要求；（三）企業(yè)對(duì)該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨(dú)進(jìn)行核算。也就是說(shuō)，企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目取得的上述財(cái)政撥款可不確認(rèn)收入。同時(shí)，上述不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用，也不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，計(jì)提的折舊、攤銷也不得在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。需要關(guān)注的是，企業(yè)將上述研發(fā)項(xiàng)目取得的財(cái)政撥款作不征稅收入處理后，如在5年（60個(gè)月）內(nèi)未發(fā)生支出又未繳回財(cái)政或有關(guān)撥付資金的主管部門(mén)的部分，需重新計(jì)入取得該資金第六年的收入總額。重新計(jì)入收入總額的財(cái)政性資金發(fā)生的支出，允許在發(fā)生年度計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)扣除。