與營改增相關(guān)或擦邊相關(guān)的內(nèi)控要素有：內(nèi)部環(huán)境、風(fēng)險評估、控制活動、信息與溝通、內(nèi)部監(jiān)督。雖然未必都進(jìn)行營改增專項內(nèi)部審計，卻可以在寫內(nèi)控自評估報告時，重點(diǎn)提及營改增這段內(nèi)容。
一、獲取足夠信息，判斷營改增是否影響到自己公司
　　公司應(yīng)有稅務(wù)管理崗，設(shè)立在財務(wù)部也好，單有稅務(wù)部也好，或者外聘的稅務(wù)律師也好，反正就是必須經(jīng)常勤快收集從稅總到主管稅所的各種規(guī)定，第一時間判斷對自己的影響。好，如果公司不在營改增試點(diǎn)范圍內(nèi)，則暫且高枕，只有做來年或者更遠(yuǎn)的時間規(guī)劃時才需要匡算個數(shù)據(jù)。
如果在營改增試點(diǎn)范圍內(nèi)，那么就要列出自家所有銷售業(yè)務(wù)，核對規(guī)定，看是否屬于要改增的那些。這個工作是細(xì)致的，且不是拉清單的粗活，有些業(yè)務(wù)需要細(xì)致分析，且需要找稅局溝通。業(yè)務(wù)核對完了，如果真的沒有需要改增的，那么控制措施到此結(jié)束。如果有需要改增的，那么進(jìn)行下一步。
二、根據(jù)公司情況，確定申請何種納稅人，確定應(yīng)采用何種計稅方法
　　如果公司此前并無增值稅業(yè)務(wù)，則需要考慮申請一般納稅人還是小規(guī)模納稅人，這需要測算稅負(fù)并考慮公司核算力量，原則是：在自己能力之內(nèi)爭取最有利的。必須仔細(xì)研究政策，而不是只期望咨詢稅局。要知道，國稅的壓力也很大，他們狂加班辦手續(xù)時，公司對自己的情況描述不清，是有可能搞錯的。
三、梳理銷售業(yè)務(wù)，確定營改增范圍
　　這塊工作，是公司的稅務(wù)崗和業(yè)務(wù)人員協(xié)作的，需要將公司所有銷售業(yè)務(wù)按照稅務(wù)口徑從新梳理，核對規(guī)定，若全部需要改增還好，有些公司的老營業(yè)稅業(yè)務(wù)，是部分需要改增，部分不改，這樣，必須區(qū)分清楚。梳理的結(jié)果，是形成表格或者說銷售業(yè)務(wù)稅種清單，列明業(yè)務(wù)名字、稅種、稅率、何種情況下可以減免稅，這個清單大有用處，簡稱清單一。
四、梳理采購業(yè)務(wù)，確定可抵扣范圍
　　這塊也是要稅務(wù)崗和業(yè)務(wù)人員協(xié)作。首先要列出各種成本費(fèi)用明細(xì)，核對規(guī)定或者咨詢稅局，看哪些可以抵扣，一一記下，做成成本費(fèi)用、購置資產(chǎn)、工程建設(shè)抵扣情況清單。需要注意的是，已有采購業(yè)務(wù)要梳理，以前未發(fā)生、即將發(fā)生的采購業(yè)務(wù)也要梳理，成熟穩(wěn)定的公司還好，新建企業(yè)這塊不大好做，只能隨著采購業(yè)務(wù)類型的增加，實(shí)時判斷，經(jīng)常更新清單了。
五、將自家的營改增情況通知客戶，并說明已簽定未執(zhí)行完畢的銷售合同條款的履行情況
　　銷售合同內(nèi)往往有發(fā)票條款，營改增時點(diǎn)前后，跨時點(diǎn)執(zhí)行的合同，可能提供不同類型的發(fā)票，這個需要明文和客戶說清楚，這里應(yīng)有律師出面擬統(tǒng)一的函，措辭溫和，言簡意賅，說理清晰，敘述清楚為何原來提供服務(wù)發(fā)票的合同改給增值稅票了，感謝客戶的支持等等。
這不是虛文禮儀，這是重要的，因?yàn)�，如果客戶也在營改增范圍內(nèi)，他們拿到新的增值稅專用發(fā)票是可以抵扣的，那么，他們的工程啊資產(chǎn)啊費(fèi)用啊成本啊什么的可能都有不同，如果是長期大客戶，這會影響下一單合同的價格談判的。并且，如果他們也營改增了，但正好他們這塊免征增值稅，那么本公司是不能給他們開增值稅專用發(fā)票的，這個很重要。
六、將自家的營改增情況通知供應(yīng)商，并約定已簽訂未執(zhí)行完畢的采購合同如何履行
　　同第四，采購合同里會有發(fā)票條款，若不主動找供應(yīng)商，能主動來聯(lián)系公司的供應(yīng)商可能真不多，跨時點(diǎn)合同的發(fā)票怎么開，供應(yīng)商也未必能細(xì)致辦理。所以為了本公司的合規(guī)納稅，是必須主動聯(lián)系有合同關(guān)系的供應(yīng)商的。這也需要公司律師寫溫和而堅決的函發(fā)出去。
七、修改銷售業(yè)務(wù)內(nèi)控流程，體現(xiàn)增值稅特色
　　在做第四的時候，一定了解客戶是否也營改增了，拿到本公司的專票能不能抵扣，等等，這些在未來的合同談判中，是要在報價中考慮的，對于薄利合同，沒準(zhǔn)這個稅點(diǎn)就是全部毛利了，不得不重視。還有，如果本公司的這塊銷售正好免稅，那么開不出增值稅專票給客戶，在報價中就更得考慮了。同等合同額下，是否繳增值稅，銷售收入那是不同的。銷售收入這個數(shù)字有多重要，在此不敘述，只提醒對其管控時必須考慮增值稅因素了。
八、修改采購業(yè)務(wù)內(nèi)控流程，重點(diǎn)體現(xiàn)增值稅管理特色
　　營改增會影響采購計劃，因?yàn)橛辛丝傻挚圻M(jìn)項，采購金額都會改變，同樣，批準(zhǔn)權(quán)限的級別也要改變，本來批的是買價，現(xiàn)在可能批的是含稅或者不含稅價，必須在公司內(nèi)部流程中描述清楚，否則會引起不必要的歧義。采購定價，又是博弈時。有的供應(yīng)商只提供服務(wù)，這里要關(guān)注能不能給可抵扣專票的問題;有的供應(yīng)商是貨物勞務(wù)一起提供，且經(jīng)常是一起談判價格的，這就要唇槍舌劍，剖析貨物多少錢，勞務(wù)多少錢，各給什么票，等等。如果不能提供可抵扣專票，則，要求降價。
采購合同的簽約，只要是履行期間在對方的營改增時點(diǎn)之后，或者跨對方的營改增時點(diǎn)，那就要詳細(xì)約定獲取什么樣子的發(fā)票，確保符合稅局要求，也為本公司的稅務(wù)安排提供支持?jǐn)?shù)據(jù)。當(dāng)然，不改增值稅的服務(wù)除外。
九、營改增時點(diǎn)上，在途發(fā)票和已提供勞務(wù)但未開發(fā)票的處理
　　首先還是稅務(wù)崗和業(yè)務(wù)人員，梳理掌握在途發(fā)票有多少，分別是什么合同下的哪批服務(wù)，為什么在途，如果是本公司開早了，那要準(zhǔn)備退回?fù)Q開新的，如果是對方懶怠收取，則需要做游說工作，說明過了這個時點(diǎn)再給的發(fā)票就不一樣了，以各種理由請對方早日簽收，等等。當(dāng)然游說客戶的事情不好做，但考核之下必有勇夫，如能把退票率也納入本公司銷售人員的考核指標(biāo)，效果肯定不同。
由于勞務(wù)不可能天天結(jié)算，有的是做完了才結(jié)算，有的是非到年末不結(jié)算，有的是跨期很長，年末也不一定給結(jié)算一次，有的是做完之后很久才給結(jié)算，所以，營改增時點(diǎn)上已經(jīng)做了一些勞務(wù)但尚未開出發(fā)票的肯定存在，作為賣方，公司最好在時點(diǎn)之前“一刀切”，爭取結(jié)算一次，開出發(fā)票給客戶，或者和客戶商議好，雖不一定要結(jié)算，但開出的發(fā)票以營改增時點(diǎn)劃分，前面的服務(wù)票后面的增值稅票。
十、營改增時點(diǎn)后，退回原營業(yè)稅發(fā)票的處理
　　如果營改增時點(diǎn)之前開出的服務(wù)票在時點(diǎn)之后被退回并要求重開，那么，非�？赡埽�只有開增值稅發(fā)票給客戶了，效果，你懂的。這一點(diǎn)，各地政策可能不同的，對策是，極早和稅務(wù)溝通，極早和客戶溝通，竭力避免這種情況，額，最好也和銷售人員的考核掛鉤�？蓱z的銷售人員!
十一、營改增時點(diǎn)后，沖減原服務(wù)銷售額的處理
　　很多業(yè)務(wù)可以審減，營改增政策也規(guī)定客戶中止、退款的業(yè)務(wù)可以申請退回原繳納的營業(yè)稅，但是，現(xiàn)實(shí)和政策是有差距的，這種退稅，基本大概幾乎毫無可能，因此，對策是，游說客戶不要審減不要退款，或者營改增時點(diǎn)前，盡量少結(jié)算收入，避免時點(diǎn)后審減或者退款。
十二、營改增時點(diǎn)上，與供應(yīng)商未結(jié)算勞務(wù)的處理
　　這里的風(fēng)險是，供應(yīng)商可能也營改增了，他們將來提供的會是增值稅發(fā)票，但是本公司呢，營改增前接受了勞務(wù)，營改增后取得了發(fā)票，如果拿這個發(fā)票去抵扣，則很有偷稅漏稅的嫌疑，因?yàn)闆]有誰能證明本公司不是故意晚要發(fā)票的，尤其對稅局做出大量的如此說明也是很難。
如何對策?可以要求業(yè)務(wù)人員與供應(yīng)商確認(rèn)營改增時點(diǎn)的勞務(wù)量，估計金額，在時點(diǎn)做掛賬處理，今后收到這些掛賬勞務(wù)對應(yīng)的發(fā)票，一律不得抵扣�？梢栽跔I改增時點(diǎn)日編制不得抵扣清單，列示供應(yīng)商名字、合同名字、不得抵扣金額，簡稱清單三，這個清單要同時發(fā)給財務(wù)部和業(yè)務(wù)部門�；蛘�，不掛賬也行，但這個清單要有。
十三、由于以上影響，對公司年度預(yù)算目標(biāo)完成的情況的預(yù)測和處理
　　營改增后，公司的收入成本都不同了，下半年，預(yù)算完成與否，每月都要精打細(xì)算，擬IPO企業(yè)和上市公司更是關(guān)注這些，公司應(yīng)組織測算數(shù)據(jù)，交預(yù)算管理部門，適當(dāng)調(diào)整預(yù)算目標(biāo)或者考核指標(biāo)。
十四、開出、收取增值稅發(fā)票的處理
　　營改增后，開出、收取發(fā)票都與服務(wù)票不同，尤其是大量開、收票據(jù)的公司。公司應(yīng)預(yù)先培訓(xùn)人員，必要時開發(fā)軟件，充分估計工作量，否則，開不出票是違規(guī)的，收票來不及認(rèn)證是吃虧的。
十五、對一般會計流程的梳理和調(diào)整
　　無論原來是否一般納稅人，會計科目都要增加，應(yīng)交稅費(fèi)的明細(xì)、營業(yè)收入的明細(xì)都得改變，以符合稅款計繳和滿足公司管理的要求。有的公司，會計相關(guān)的IT系統(tǒng)非常復(fù)雜，改變?nèi)魏慰颇慷夹枰�論證，自然要早走內(nèi)控規(guī)定的流程，務(wù)必在營改增時點(diǎn)之前完成設(shè)置。而系統(tǒng)簡單的公司，論證和審批流程也必須應(yīng)有盡有，這是重要內(nèi)控文檔，得留著備檢查的。
增值稅核算的會計核算是和營業(yè)稅不同的，需要重新設(shè)計計算表單，以及記賬分錄。系統(tǒng)復(fù)雜的公司，可能對模塊功能都要有所調(diào)整，這些改變，都需要有文檔留存?zhèn)洳�。前述清單一、二、三，財�?wù)和業(yè)務(wù)人員均應(yīng)發(fā)放，以協(xié)助工作。
十六、重新進(jìn)行稅務(wù)籌劃
　　有的公司，籌劃很大，復(fù)雜業(yè)務(wù)情況下為節(jié)稅專門開設(shè)專業(yè)公司的都有，增值稅情景下這些都可能改變，不排除影響公司的架構(gòu)，這架構(gòu)如有改動，則所得稅會被一并影響，因此，早做納稅籌劃那是必須的。
十七、了解并積極申請稅收優(yōu)惠
　　根據(jù)已有政策，積極享受應(yīng)有優(yōu)惠，首先要了解公司可以享受哪些優(yōu)惠，申請流程是什么，需要提供哪些資料。業(yè)務(wù)如流水，不舍晝夜，早申請早受益，忘記申請那是不對的。