根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》的通知》（國稅發(fā)[2008]28號以下簡稱《辦法》）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于建筑企業(yè)所得稅征管有關(guān)問題的通知》（國稅函[2010]39號）以及《國家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)所得稅征收管理問題的通知》（國稅函[2010]156號）精神，建筑企業(yè)（指居民企業(yè)，下同）總、分支機構(gòu)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市，下同）經(jīng)營時，其應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅實行總機構(gòu)統(tǒng)一計算、總分支機構(gòu)分別繳納（預(yù)繳）的辦法，并從2010年1月1日起按以下方法辦理：

　 　1、稅款繳納原則。實行總、分機構(gòu)體制的跨地區(qū)經(jīng)營建筑企業(yè)應(yīng)嚴格按照“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫”原則計算繳納企業(yè)所得稅，其中：

　　“統(tǒng)一計算”：是指企業(yè)總機構(gòu)統(tǒng)一計算包括企業(yè)所屬各個不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)、場所在內(nèi)的全部應(yīng)納稅所得額、應(yīng)納稅額。

　　“分級管理”：是指總機構(gòu)、分支機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)都有對當?shù)貦C構(gòu)進行企業(yè)所得稅管理的責任，總機構(gòu)和分支機構(gòu)應(yīng)分別接受機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)的管理。

　　“就地預(yù)繳”：是指是指總機構(gòu)、分支機構(gòu)應(yīng)按本辦法的規(guī)定，分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　“匯總清算”：是指在年度終了后，總機構(gòu)負責進行企業(yè)所得稅的年度匯算清繳，統(tǒng)一計算企業(yè)的年度應(yīng)納所得稅額，抵減總機構(gòu)、分支機構(gòu)當年已就地分期預(yù)繳的企業(yè)所得稅款后，多退少補稅款。

　　“財政調(diào)庫”：是指財政部定期將繳入中央國庫的跨地區(qū)總分機構(gòu)企業(yè)所得稅待分配收入，按照核定的系數(shù)調(diào)整至地方金庫。

　 　2、分級預(yù)繳辦法。

　�。�1）總機構(gòu)和具有主體經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)，就地分月或分季分別向所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報預(yù)繳企業(yè)所得稅。二級分支機構(gòu)及其下屬機構(gòu)均由二級分支機構(gòu)集中就地預(yù)繳企業(yè)所得稅；三級及以下分支機構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計入二級分支機構(gòu)，即：建筑企業(yè)所屬二級或二級以下分支機構(gòu)直接管理的項目部和跨地區(qū)設(shè)立的不符合二級分支機構(gòu)條件的項目經(jīng)理部（包括與項目經(jīng)理部性質(zhì)相同的工程指揮部、合同段等），應(yīng)匯總到總機構(gòu)或二級分支機構(gòu)統(tǒng)一計算繳納企業(yè)所得稅。

　　（2）總機構(gòu)只設(shè)跨地區(qū)項目部或既有直接管理的跨地區(qū)項目部，又有跨地區(qū)二級分支機構(gòu)的，先扣除已由項目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，再按計算總、分支機構(gòu)應(yīng)繳納的稅款。

　　（3）總機構(gòu)設(shè)立具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門，且具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門視同一個分支機構(gòu)，就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　�。�4）總機構(gòu)和分支機構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機構(gòu)統(tǒng)一計算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照《辦法》第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計算劃分不同稅率地區(qū)機構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機構(gòu)和分支機構(gòu)所在地的適用稅率計算應(yīng)納稅額。

　 　3、不能就地預(yù)繳稅款的分支機構(gòu)。

　�。�1）具有獨立生產(chǎn)經(jīng)營職能部門與管理職能部門的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額不能分開核算的，不能視同一個分支機構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　　（2）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級及以下分支機構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　�。�3）上年度認定為小型微利企業(yè)的，其分支機構(gòu)不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　�。�4）新設(shè)立的分支機構(gòu)，設(shè)立當年不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

　�。�5）撤銷的分支機構(gòu)，撤銷當年剩余期限內(nèi)應(yīng)分攤的企業(yè)所得稅款由總機構(gòu)繳入中央國庫。

　�。�6）企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的營業(yè)機構(gòu)，不就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。企業(yè)計算分期預(yù)繳的所得稅時，其實際利潤額、應(yīng)納稅額及分攤因素數(shù)額，均不包括其在中國境外設(shè)立的營業(yè)機構(gòu)。

　 　4、以前年度虧損的彌補。

　　總機構(gòu)和分支機構(gòu)2007年及以前年度按獨立納稅人計繳所得稅尚未彌補完的虧損，允許在法定剩余年限內(nèi)繼續(xù)彌補。

　 　5、預(yù)繳比例的確定。

　�。�1）總機構(gòu)直接管理的跨地區(qū)設(shè)立的項目部，應(yīng)按項目實際經(jīng)營收入的0.2%按月或按季由總機構(gòu)向項目所在地預(yù)分企業(yè)所得稅，并由項目部向所在地主管稅務(wù)機關(guān)預(yù)繳。

　�。�2）扣除總機構(gòu)直接管理的項目部預(yù)繳的稅款后，其他應(yīng)匯總繳納的企業(yè)所得稅稅款由總機構(gòu)和分支機構(gòu)應(yīng)分期預(yù)繳，50%在各分支機構(gòu)間分攤預(yù)繳，50%由總機構(gòu)預(yù)繳�？倷C構(gòu)預(yù)繳的部分，其中25%就地入庫，25%預(yù)繳入中央國庫，分支機構(gòu)預(yù)繳的稅款數(shù)額，由總機構(gòu)按全部應(yīng)預(yù)繳稅款的50%計算確定后，于每月或季度終了后10日內(nèi)通知給各分支機構(gòu)，具體確定方法如下：

　　某分支機構(gòu)分攤比例＝0.35×（該分支機構(gòu)營業(yè)收入/各分支機構(gòu)營業(yè)收入之和）＋0.35×（該分支機構(gòu)工資總額/各分支機構(gòu)工資總額之和）＋0.30×（該分支機構(gòu)資產(chǎn)總額/各分支機構(gòu)資產(chǎn)總額之和）

　　其中分支機構(gòu)的經(jīng)營收入、職工工資和資產(chǎn)總額三項指標，1-6月份按上上年度計算，7-12月份按上年度計算。

　　其中：“分支機構(gòu)經(jīng)營收入”是指分支機構(gòu)在提供建筑勞務(wù)中實現(xiàn)的全部營業(yè)收入：“分支機構(gòu)職工工資”是指分支機構(gòu)為獲得職工提供的服務(wù)而給予職工的各種形式的報酬“分支機構(gòu)資產(chǎn)總額”是指分支機構(gòu)擁有或者控制的除無形資產(chǎn)外能以貨幣計量的經(jīng)濟資源總額。三相指標的數(shù)據(jù)均以企業(yè)財務(wù)會計決算報告數(shù)據(jù)為準。

　　總機構(gòu)應(yīng)在每年6月20日前，將上述分攤稅款的比例，填入《中華人民共和國企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)分配表》（見《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表〉等報表的通知》（國稅函[2008]44號）附件4，該附件填報說明第二條第10項“各分支機構(gòu)分配比例”按上述辦法計算），報送總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)，同時下發(fā)各分支機構(gòu)。且分攤比例一經(jīng)確定后，當年不作調(diào)整。

　 　6、匯算清繳。

　　總機構(gòu)在年度終了后5個月內(nèi)，應(yīng)依照法律、法規(guī)和其他有關(guān)規(guī)定進行匯總納稅企業(yè)的所得稅年度匯算清繳。各分支機構(gòu)不進行企業(yè)所得稅匯算清繳�？倷C構(gòu)年終匯算清繳后應(yīng)納所得稅額小于已預(yù)繳的稅款時，由總機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)辦理退稅或抵扣以后年度的應(yīng)繳企業(yè)所得稅。

　　需要注意的是：跨地區(qū)經(jīng)營的項目部（包括二級以下分支機構(gòu)管理的項目部）應(yīng)向項目所在地主管稅務(wù)機關(guān)出具總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)開具的《外出經(jīng)營活動稅收管理證明》和總機構(gòu)出具的證明該項目部屬于總機構(gòu)或二級分支機構(gòu)管理的證明文件，不能提供上述證明的，應(yīng)作為獨立納稅人就地繳納企業(yè)所得稅。