企業(yè)清算是處置資產(chǎn)、清償債務(wù)、投資者收回資本的過程，增值稅留抵稅額在資產(chǎn)負(fù)債表中“應(yīng)交稅費(fèi)”科目核算，屬于“應(yīng)交稅費(fèi)”的負(fù)數(shù)余額。在企業(yè)注銷過程中，增值稅留抵稅額處理主要注意以下幾個(gè)問題：
　　一是企業(yè)清算時(shí)存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)發(fā)生非正常損失。
　　企業(yè)清算時(shí)應(yīng)先進(jìn)行資產(chǎn)評(píng)估、清查，對(duì)存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)發(fā)生非正常損失的，應(yīng)根據(jù)《增值稅暫行條例》第十條的規(guī)定，作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出處理，需補(bǔ)繳增值稅，調(diào)減增值稅留抵稅額。
　　二是企業(yè)清算時(shí)仍有存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)。
　　《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)清算業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅〔2009〕60號(hào)）規(guī)定，企業(yè)清算時(shí)，全部資產(chǎn)均應(yīng)按可變現(xiàn)價(jià)值或交易價(jià)格，確認(rèn)資產(chǎn)轉(zhuǎn)讓所得或損失。企業(yè)在向股東分配剩余存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)前，需以銷售、抵頂債務(wù)方式處理存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)時(shí)，可以用增值稅銷項(xiàng)稅金抵減留抵稅額，留抵稅額抵頂完畢的，需繳納增值稅；留抵稅金未抵減完畢并將存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)作為剩余財(cái)產(chǎn)向股東分配的，其留抵稅金稅務(wù)機(jī)關(guān)不再退稅，鑒于留抵稅額屬于“應(yīng)交稅費(fèi)”的一項(xiàng)內(nèi)容，應(yīng)作為“負(fù)債清償損益”處理。應(yīng)將其填入《企業(yè)清算所得稅申報(bào)表填報(bào)說明》（國稅函〔2009〕388號(hào)）附表二《負(fù)債清償損益明細(xì)表》第9行“應(yīng)交稅費(fèi)”中，并以此在清算申報(bào)表主表第二行“負(fù)債清償損益”中反映。
　　需要說明的是，盡管《企業(yè)清算所得稅申報(bào)表》包括“清算稅金及附加”項(xiàng)目，清算稅金及附加主要指清算環(huán)節(jié)發(fā)生的除企業(yè)所得稅和允許抵扣的增值稅以外的各項(xiàng)稅金及其附加，企業(yè)清算環(huán)節(jié)繳納的增值稅無法在本企業(yè)抵扣，不再將其作為價(jià)外稅，允許作為“清算稅金及附加”處理。
　　三是企業(yè)清算時(shí)沒有存貨和已抵扣進(jìn)項(xiàng)稅金的固定資產(chǎn)，直接將剩余財(cái)產(chǎn)向股東分配，稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)留抵稅金不再退稅，將其填入《企業(yè)清算所得稅申報(bào)表填報(bào)說明》（國稅函〔2009〕388號(hào)）附表二《負(fù)債清償損益明細(xì)表》第九行“應(yīng)交稅費(fèi)”。
　　綜上所述，企業(yè)在注銷清算時(shí)，應(yīng)考慮好留抵進(jìn)項(xiàng)稅額的處理問題，否則可能出現(xiàn)少計(jì)“負(fù)債清償損益”，多繳清算企業(yè)所得稅的情況，或者被稅務(wù)部門追繳稅款、滯納金以及受到稅務(wù)行政處罰。