事業(yè)單位不同于企業(yè)和政府，也與一般意義上的非政府組織（NGO）、民間非營利組織（NPO）有所不同。事業(yè)單位是由國家設(shè)立或其他組織利用國有資產(chǎn)設(shè)立的，以社會公益為目的的公共服務(wù)機(jī)構(gòu)。

事業(yè)單位與企業(yè)的主要不同在于事業(yè)單位不以營利為組織存在的目的、沒有可分割的權(quán)益、也沒有對具體所有者的分紅或投資回報(bào)。因此，事業(yè)單位天然地缺乏企業(yè)那樣的股東或所有者基于利益而對組織的密切關(guān)注，也缺乏像企業(yè)所面臨的市場檢驗(yàn)。對事業(yè)單位監(jiān)管一般是由舉辦事業(yè)單位的政府部門或組織進(jìn)行的，可以認(rèn)為國家或舉辦單位是受公共利益的委托對事業(yè)單位進(jìn)行監(jiān)督管理，事業(yè)單位與舉辦者之外的利益相關(guān)者存在著較長的代理鏈條，監(jiān)督管理具有間接性的特點(diǎn)。

事業(yè)單位與政府也不同。雖然事業(yè)單位與政府都是科層組織，具備科層組織的基本特性，但是事業(yè)單位往往也是專業(yè)組織，特別是對于教育、醫(yī)療、科研等行業(yè)的事業(yè)單位來說，專業(yè)組織的運(yùn)行規(guī)律十分突出。這類組織中，專業(yè)權(quán)力與行政權(quán)力并行，單位的治理和管理面臨更為復(fù)雜的情況，存在著與政府規(guī)律的不同。事業(yè)單位可能設(shè)立下屬事業(yè)單位，要承擔(dān)對下屬事業(yè)單位的監(jiān)督和管理；事業(yè)單位可能投資設(shè)立企業(yè)，需要對營利性組織進(jìn)行監(jiān)督和管理，并承擔(dān)保值增值的責(zé)任；有些事業(yè)單位（高校、科研院所）還會有科技成果轉(zhuǎn)化，科技成果轉(zhuǎn)化過程中對于無形資產(chǎn)的管理、處置、分配也具有一定的特殊性。

事業(yè)單位與民間非營利組織相同的是非營利性質(zhì)，類似的是利益相關(guān)者特征明顯。所謂利益相關(guān)者特征，就是事業(yè)單位存在著廣泛的利益相關(guān)者，包括自身員工、服務(wù)對象、舉辦者、供應(yīng)商、社會公眾等，這些利益相關(guān)者從不同角度都會對事業(yè)單位有期望、有要求，甚至可以說，事業(yè)單位的經(jīng)濟(jì)行為選擇是不同利益相關(guān)者利益均衡的結(jié)果。既然是利益均衡的結(jié)果，這些經(jīng)濟(jì)行為就有可能符合公共利益、也有可能不符合公共利益。但是，事業(yè)單位與民間非營利組織不同的是，事業(yè)單位作為政府舉辦的非營利機(jī)構(gòu)，政府為事業(yè)單位提供資源、政策、權(quán)力，任命其管理者，定義其權(quán)限，影響其行為，政府是受公共利益委托行使監(jiān)督管理職能的，也可以看作是事業(yè)單位最重要的利益相關(guān)者。

事業(yè)單位治理機(jī)構(gòu)具有一定特殊性。雖然事業(yè)單位負(fù)責(zé)人都是上級部門任命的，但是事業(yè)單位治理機(jī)構(gòu)的成員（黨委會、辦公會、院務(wù)會等）都是內(nèi)部的，大多數(shù)成員也是內(nèi)部產(chǎn)生的。因此，在事業(yè)單位治理中，需要避免過于從組織內(nèi)部利益角度或被內(nèi)部成員“綁架”來考慮問題、決策事項(xiàng)、執(zhí)行業(yè)務(wù)、監(jiān)督自我。

從事業(yè)單位的產(chǎn)品或服務(wù)的特征看，事業(yè)單位的主要產(chǎn)品可能是公共服務(wù)，很多具有公共品和準(zhǔn)公共品的性質(zhì)，這類公共服務(wù)或多或少存在著外部性問題，而存在外部性的服務(wù)傾向于供給不足。事業(yè)單位的公共服務(wù)中，又有一些產(chǎn)品（比如教育、科研成果）的效果具有長期性和隱蔽性，質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)模糊、難以衡量，這種情況可能會導(dǎo)致對事業(yè)單位服務(wù)質(zhì)量的監(jiān)督困難。因此，公共服務(wù)數(shù)量供給不足和質(zhì)量監(jiān)督困難，與事業(yè)單位治理機(jī)構(gòu)成員內(nèi)部化特征“耦合”在一起，導(dǎo)致事業(yè)單位的決策可能與社會需要存在距離、甚至脫節(jié)，組織行為偏離社會公益目標(biāo)，甚至偏離組織宗旨。需要重視的潛在問題有以下幾個方面：

1.營利動機(jī)過強(qiáng)。事業(yè)單位取得事業(yè)收入、經(jīng)營收入，往往是利用其生產(chǎn)能力去服務(wù)社會和市場所賺得的收入來源，這類自籌收入的使用分配管理往往具有自主性和靈活性。如果事業(yè)單位不顧服務(wù)對象的反對做出提高服務(wù)收費(fèi)的決策，就可能產(chǎn)生對收入合法性的質(zhì)疑；如果收入中與副業(yè)相關(guān)的收入占比越來越大，那么收入結(jié)構(gòu)就可能反映出偏離主業(yè)的問題；如果經(jīng)營收入侵占公共服務(wù)能力和資源，就可能影響社會公共服務(wù)的數(shù)量和質(zhì)量，等等。

2.不負(fù)責(zé)任的支出。雖然事業(yè)單位的預(yù)算需要上級部門批準(zhǔn)，但是由于委托代理關(guān)系中存在著信息不對稱，上級部門不可能管也不可能管到所有的細(xì)節(jié)。如果事業(yè)單位過于關(guān)注自身利益或者迫于內(nèi)部壓力，就有可能超過自身財(cái)力進(jìn)行資源分配；支出結(jié)構(gòu)不能聚焦主業(yè)、支持核心業(yè)務(wù)，而更多地支持可以“賺錢”的業(yè)務(wù)；支出效率和效果不符合社會期望、存在低效和浪費(fèi)的問題。

3.過度負(fù)債行為。多年來，一些事業(yè)單位被曝出“形象工程”、勞民傷財(cái)；還有些事業(yè)單位的決策者不顧發(fā)展規(guī)律，好大喜功，短期行為明顯。這些巨額甚至竭澤而漁的投資會導(dǎo)致財(cái)務(wù)狀況惡化，影響單位的可持續(xù)發(fā)展。

事業(yè)單位的運(yùn)行績效需要一定的法人自主權(quán)，而法人自主權(quán)是政府和舉辦單位授予的，因此，事業(yè)單位績效與環(huán)境有關(guān)，事業(yè)單位的利益相關(guān)者不同程度地影響著單位的績效。毫無疑問，在諸多利益相關(guān)者中，政府是最重要、也是對事業(yè)單位影響最大的利益相關(guān)者。政府扮演著三種角色：一是資源提供者，作為公共利益代表對事業(yè)單位進(jìn)行投入；二是事業(yè)單位的舉辦者，對所舉辦的事業(yè)單位進(jìn)行管理，或者參與事業(yè)單位的治理；三是社會管理者，對事業(yè)單位行為進(jìn)行規(guī)范，事業(yè)單位的角色是社會活動的參與者，應(yīng)當(dāng)服從規(guī)范。由于存在著三重關(guān)系，事業(yè)單位的行為與政府行為之間就具有了高度的相關(guān)性。

有些公益二類事業(yè)單位（高校、醫(yī)院、科研院所等）往往是大型復(fù)雜的專業(yè)性組織。這類事業(yè)單位對外是一個機(jī)構(gòu)，內(nèi)部則劃分為若干業(yè)務(wù)單位和職能部門。這類事業(yè)單位所提供的產(chǎn)品或服務(wù)，部分地面對市場和社會，市場檢驗(yàn)雖然不完整，但也可以是一種監(jiān)督力量。從另一個角度說，這類單位服務(wù)社會的過程中，取得的收入也是對財(cái)政投入的重要補(bǔ)充。因此，應(yīng)當(dāng)支持這類單位接受市場檢驗(yàn)、改進(jìn)服務(wù)、多渠道籌集資金。如果簡單地“統(tǒng)收統(tǒng)支”，就會產(chǎn)生“搭便車”問題，既會造成嚴(yán)重的政府財(cái)政負(fù)擔(dān)，也會帶來嚴(yán)重的效率低下。因此，在這類大型事業(yè)單位，往往需要適當(dāng)?shù)貏澐植煌瑢蛹�、不同目�?biāo)的“核算單位”。這些經(jīng)濟(jì)核算單位既有二級單位層級的院系、科室、部處、中心，也可以是更具體層級的項(xiàng)目。這些核算單位收入支出相對獨(dú)立，或者�？顚Ｓ茫�涉及到核算單位之間的經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)，則采取“親兄弟、明算賬”的方式進(jìn)行收支。比如：有些高校和醫(yī)院，對于使用水電的各個部門和單位收取水電費(fèi)，對于占用房屋資源的部門和單位收取房屋資源調(diào)節(jié)費(fèi)，對于使用公共實(shí)驗(yàn)測試平臺的項(xiàng)目收取測試費(fèi)、分析費(fèi)，事業(yè)單位對于利用公共條件收取管理費(fèi)、間接費(fèi)等等。

《事業(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》（2012）規(guī)定“事業(yè)單位的財(cái)務(wù)活動在單位負(fù)責(zé)人的領(lǐng)導(dǎo)下，由單位財(cái)務(wù)部門統(tǒng)一管理。” 事業(yè)單位治理機(jī)構(gòu)雖然是高度內(nèi)部化的，但是其產(chǎn)品和服務(wù)具有公共服務(wù)產(chǎn)品特征，許多經(jīng)濟(jì)活動已經(jīng)不是內(nèi)部管理的事情，會涉及到內(nèi)部和外部諸多利益相關(guān)者，越來越多地表現(xiàn)出參與性、協(xié)調(diào)性。因此，要在事業(yè)單位治理體系中體現(xiàn)內(nèi)部與外部利益的平衡，需要外部監(jiān)督更加嚴(yán)密，程序更加透明，決策的民主性和科學(xué)性要有保障，財(cái)務(wù)信息要通過年報(bào)等方式向社會公開，并及時(shí)全面回應(yīng)社會問責(zé)�！妒聵I(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》需要將這些要求表達(dá)得更清楚。

近年來的科研“放管服”改革中，下放權(quán)力就意味著將經(jīng)費(fèi)分配、經(jīng)費(fèi)使用的自主權(quán)下放給從事創(chuàng)新科研類事業(yè)單位。對于高校、醫(yī)院、科研院所等事業(yè)單位，應(yīng)當(dāng)允許這些事業(yè)單位按照運(yùn)行規(guī)律制定經(jīng)費(fèi)使用規(guī)則，并要求其經(jīng)費(fèi)使用行為應(yīng)當(dāng)“自恰”。在這些單位實(shí)施政府采購、國庫集中支付的過程中，應(yīng)考慮事業(yè)單位業(yè)務(wù)的不同規(guī)律而進(jìn)行適應(yīng)性調(diào)整，增加靈活性。應(yīng)當(dāng)允許事業(yè)單位按照自身的規(guī)律開展收支，鼓勵事業(yè)單位適當(dāng)積累。國家對于事業(yè)單位的審計(jì)監(jiān)督既要有權(quán)威性，又要簡化和統(tǒng)籌各方面的審計(jì)，實(shí)現(xiàn)審計(jì)結(jié)果的共享。

《事業(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》（2012）規(guī)定“事業(yè)單位預(yù)算應(yīng)當(dāng)自求收支平衡，不得編制赤字預(yù)算�！睂τ谶@個要求的理解可能存在歧義。事業(yè)單位預(yù)算平衡不僅是收入與支出的平衡，更重要的是收入、結(jié)余使用和支出的平衡。這就要求事業(yè)單位在編制預(yù)算時(shí)：（1）如果結(jié)余使用為零，預(yù)算平衡就意味著當(dāng)年支出不允許超過收入；（2）如果結(jié)余使用為負(fù)數(shù)，預(yù)算平衡就意味著支出不允許超過彌補(bǔ)了上年赤字的收入；（3）如果存在著舉債來源和支出，預(yù)算平衡就意味著在還款期內(nèi)的每一年中，包含還本付息的支出不能超過收入加結(jié)余使用；（4）要求債務(wù)支出必須納入平衡，并要求舉債決策作為預(yù)算決策的重要內(nèi)容。因此，要引導(dǎo)事業(yè)單位的經(jīng)濟(jì)行為不竭澤而漁、不過度負(fù)債，取之有道、用之有度，物有所值、物盡其用。

《事業(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》（2012）規(guī)定“事業(yè)單位應(yīng)當(dāng)提高資產(chǎn)使用效率，按照國家有關(guān)規(guī)定實(shí)行資產(chǎn)共享、共用”，僅僅這一提倡性的條款還不夠，在實(shí)際工作中缺乏的是制度的保證和支持�！妒聵I(yè)單位財(cái)務(wù)規(guī)則》應(yīng)當(dāng)留有余地并與其他相關(guān)規(guī)章進(jìn)行協(xié)調(diào)，對事業(yè)單位內(nèi)部經(jīng)濟(jì)核算的會計(jì)處理提出規(guī)范，對內(nèi)部服務(wù)收費(fèi)行為及原則予以確認(rèn)，并支持內(nèi)部經(jīng)濟(jì)往來取得免稅政策。